Фестиваль проводится ежегодно, начиная с 1997 года.
Идея создания фестиваля принадлежит участнику панк-проекта «Boomtown Rats» Дж. Фингерсу.
Первый фестиваль состоялся 26-27 июля 1997 г. на горнолыжном курорте «Fuji Tenjinyama», благодаря которому фестиваль и получил свое название.
Начиная с 1999 г. фестиваль проводится на горнолыжном курорте «Naeba» (префектура Ниигата).

В первые годы проведения фестиваль собирал около 30-50 тысяч; в настоящее время - до 120 и более тысяч зрителей.
Помимо японских музыкантов, в фестивале принимают участие звезды мировой рок-сцены из США, Европы, других стран мира - например, такие как Red Hot Chili Peppers, Coldplay, Prodigy, Korn, ZZ Top, Muse и многие другие.

Единственным представителем России на фестивале «Фудзи рок» за все годы его существования была группа «Ночные Снайперы».

«Ночные Снайперы» приняли участие в фестивале 2005 года, где выступили в пятницу, 29 июля, на сцене «RED MARQUEE» (единственная крытая площадка фестиваля).
Это выступление было одним из мероприятий в рамках японского проекта Кадзуфуми Миядзавы «Симаута».