Родился 20 января 1961 года в Петербурге. Окончил эстрадно-джазовое училище по классу композиции, географический факультет Санкт-Петербургского университета.
Начиная с 1979 года играл в студенческих рок-группах «Полигон», «Генератор белого шума», «Пепел», «Музей 30 монет». С 1992 года также играл в группе «Двоюродные близнецы».

Работал преподавателем социологии в медицинском училище, где в 1986 году познакомился со студенткой училища Светланой Сургановой. В 1988 году ими была создана группа «Нечто иное», существовавшая до 1994 года. В этой группе Петр был клавишником, вокалистом, автором музыки к значительной части песен коллектива. В частности, ему принадлежит музыка к песням «Сохрани мою тень», «Назло угрюмым декабрям», «Когда устанешь», «Не бойся, милая», в разные годы исполненным Светланой Сургановой.

Вспоминает Светлана Сурганова:
«Две встречи, на самом деле, повлияли на мою дальнейшую судьбу и переквалифицировали меня из педиатра в музыканта. Первая встреча состоялась, когда я еще училась в медицинском училище, и это была встреча с Петром Малаховским. Есть такой в Питере деятель, помимо того, что сам интересный музыкант, автор песен, он по образованию биолог. Человек, который всю жизнь мается, всю жизнь колеблется, всю жизнь не может пристать к одному из берегов, и его мотает между биологией и музыкой. В тот момент, когда я училась в училище, он там преподавал обществоведение, или географию… ну не суть. Увидел меня, вцепился мертвой хваткой (…)Это человек, который просто взял и предопределил мою дальнейшую судьбу. Несмотря на то, что я окончила с красным дипломом медицинское училище, несмотря на то, что я окончила потом медицинскую педиатрическую академию – все равно потом ушла в музыку. Потому что он все время убеждал меня в том, что это у меня в принципе хорошо получается. И в конце концов убедил».
(Из интервью каналу О2-ТВ, сентябрь 2005 г.)

С образованием группы «Ночные Снайперы» сотрудничество Светланы с Петром Малаховским и его музыкальными коллективами значительно сократилось, однако некоторое взаимодействие продолжалось. Петр участвовал в записи нескольких композиций альбома «Детский лепет», в 1996 году ездил со Снайперами в Данию. В период его работы музыкальным менеджером клуба «Достоевский» содействовал организации ряда выступлений «Ночных Снайперов» в этом клубе.

«Этот альбом (т.е. «Детский лепет») в целом — посильная наша благодарность тем ребятам, которые с нами сотрудничали на самых-самых ранних этапах. И первый человек в этом деле – это, конечно, Петр Малаховский. Это лидер группы "ULME", собственно, тот самый человек, который подставил свое могучее плечо и благодаря которому мы записали первые наши совместные вещи. Это были песни "Лето", "Рубеж", "Белые люди", "Ты уйдешь".
(из интервью «Я спою тебе моим классическим сопрано», 2000 г.)

В 1995 году Петр создал группу «Ulme», существующую по сей день. Вокалист, клавишник, автор музыки и текстов большинства песен «Ulme».
Является одним из руководителей продюсерского центра «Апрель», организатором петербургских рок-фестивалей «Балтийская весна», «Бабье лето», «Апрельский драйв», фестиваля женского рок-вокала «Царица ночи».